Nadleśniczy jednoosobowo kieruje nadleśnictwem, ponosi za nie odpowiedzialność i reprezentuje je na zewnątrz.

Zastępca nadleśniczego odpowiada za całokształt sfery produkcyjnej w nadleśnictwie, kieruje Działem Gospodarki Leśnej i pracą leśniczych.

Dział Gospodarki Leśnej prowadzi całokształt spraw związanych z planowaniem, organizacją, koordynacją i nadzorem prac w zakresie selekcji i nasiennictwa, szkółkarstwa, hodowli lasu, ochrony lasu (w tym ochrony przeciwpożarowej), ochrony przyrody i zagospodarowania turystycznego, łowiectwa oraz innych działów zagospodarowania lasu, urządzania lasu, użytkowania lasu oraz sprzedaży drewna i użytków ubocznych, postępu technicznego i technologicznego. Dział ten prowadzi również sprawy związane ze stanem posiadania i  ewidencją gruntów oraz udostępnianiem lasu, a także przygotowuje i obsługuje merytorycznie narady nadleśniczego z kierownikami działów i leśniczymi.

Leśnictwa są podstawową jednostką terenową w nadleśnictwie, w której bezpośrednio prowadzona jest gospodarka leśna. Leśnictwem kieruje leśniczy.

Inżynier nadzoru kontroluje prawidłowość wykonywania czynności gospodarczych w nadleśnictwie oraz zadania wynikające z ochrony mienia i udostępniania lasu. Wydaje zalecenia w zakresie ustalonym przez nadleśniczego i ściśle współpracuje z zastępcą nadleśniczego poprzez wzajemne konsultacje, zgłaszanie uwag i propozycji.

Główny księgowy wykonuje zadania i ponosi odpowiedzialność w zakresie księgowości, finansów, planowania finansowo-ekonomicznego, analiz, sprawozdawczości, a także organizuje i sprawuje kontrolę wewnętrzną, dokumentów finansowo-księgowych. Główny księgowy kieruje działem finansowo-księgowym.

Dział Administracyjno-Gospodarczy zajmuje się całokształtem spraw związanych z pełną obsługą administracyjną nadleśnictwa, administrowaniem nieruchomościami, sporządzeniem i realizacją planów budowy i zakupów środków trwałych oraz planem remontów w zakresie infrastruktury. Działem tym kieruje sekretarz.

Stanowisko do spraw pracowniczych podlega bezpośrednio nadleśniczemu. Pracownik prowadzi całokształt spraw kadrowych w nadleśnictwie.

Posterunek Straży Leśnej jest komórką organizacyjną przy nadleśnictwie, powołaną do zwalczania przestępstw i wykroczeń z zakresu szkodnictwa leśnego oraz wykonywaniem innych zadań związanych z ochroną mienia Skarbu Państwa, będącego w zarządzie Nadleśnictwa. Posterunkiem kieruje Komendant, podległy bezpośrednio nadleśniczemu. Skład osobowy posterunku stanowią strażnicy, bezpośrednio podlegli komendantowi posterunku.

Stanowisko do spraw edukacji podlega bezpośrednio zastępcy nadleśniczego. Do zadań pracownika należy prowadzenie szeroko rozumianej działalności edukacyjnej oraz promocji działalności nadleśnictwa wobec społeczeństwa. Zajmuje się też zagospodarowaniem turystycznym i rekreacyjnym lasu oraz jest odpowiedzialny za realizację funkcji Leśnego Kompleksu Promocyjnego na poziomie nadleśnictwa.

Arboretum prowadzone jest przez pracownika podlegającego bezpośrednio zastępcy nadleśniczego.

Stanowisko do spraw ochrony przyrody podlega zastępcy nadleśniczego. Do zadań pracownika należy prowadzenie wszystkich spraw związanych z ochroną przyrody w nadleśnictwie. Ponadto odpowiada za kontakt z mediami, prowadzenie witryny internetowej nadleśnictwa i Biuletynu Informacji Publicznej.

***

Nadleśnictwo Supraśl podzielone jest na dwa obręby: Supraśl i Sokółka. Niższym od obrębu szczeblem organizacyjnym w terenie jest podział na leśnictwa. Obszar leśny Nadleśnictwa Supraśl podzielony jest na 11 leśnictw. Są to:
- Lipina
- Łaźnisko
- Dworzysk
- Kopna Góra
- Klin
- Borki
- Sokołda
- Zacisze
- Surażkowo
- Podsupraśl
- Krasne